São João das Duas Pontes apresenta saneamento básico consolidado, com coleta e tratamento de esgoto em 100,0% (2021 e 2022, respectivamente), muito acima das medianas nacionais (87,8% e 37,7%) e do próprio estado de São Paulo (94,6% e 69,6%), colocando o município no percentil 100 e 93 nacionais. A cobertura de água, entretanto, chama atenção: caiu de 100,0% em 2021 para 78,2% em 2022, uma retração de -4,8 pp que interrompe uma trajetória de melhoria contínua desde 2008. Ainda assim, o índice fica próximo da UF (95,2%) e acima da mediana nacional (76,5%), e a perda de água na distribuição segue em patamar muito baixo (10,4% em 2022, percentil 8 — quanto menor, melhor), sugerindo eficiência operacional apesar da queda pontual na cobertura, que merece monitoramento para verificar se é uma reclassificação metodológica ou uma falha real de abastecimento.

No recorte domiciliar, o quadro é positivo: 89,9% dos domicílios têm coleta de resíduos (2022), acima da mediana nacional (76,9%) e praticamente equivalente à UF (89,7%), enquanto o destino inadequado de resíduos caiu para 5,6% (de 12,3% em 2010), abaixo da mediana nacional (14,9%), embora ainda distante do patamar estadual (1,0%). Essa evolução é coerente com a universalização do tratamento de esgoto, indicando investimento consistente em infraestrutura sanitária ao longo da década.

Do ponto de vista climático, as emissões totais de GEE somaram 41.165 tCO₂e em 2024, com alta de 13,3% frente a 2010, mas em trajetória de queda desde o pico de 2021 (51.513 tCO₂e). O município está muito abaixo da mediana nacional (138.513 tCO₂e), no percentil 17. As emissões de resíduos, contudo, cresceram 32,7% no período (1.330 tCO₂e em 2024), acompanhando o aumento da cobertura de coleta domiciliar — um trade-off esperado quando mais resíduos são coletados e destinados formalmente. As emissões de energia permanecem marginais (1.682 tCO₂e, percentil 5).

Não há registros de cheias ou secas na série disponível (2016), e o índice de segurança hídrica projetado para 2035 é de 5,000, superior à mediana nacional (4,000) e à UF (3,881), no percentil 100. Em síntese, o município exibe saneamento de excelência e baixo risco hídrico-climático relativo, mas a queda abrupta na cobertura de água em 2022 e o crescimento das emissões de resíduos são pontos que demandam acompanhamento da gestão local.