Junqueirópolis apresenta saneamento básico consolidado, mas com sinais de alerta no tratamento de esgoto. A coleta de esgoto atinge 100,0% (2021), acima da mediana nacional (87,8%) e da média estadual (94,6%), colocando o município no percentil 100. Contudo, o tratamento efetivo desse esgoto coletado caiu para 53,5% (2022), uma queda acentuada de -33,1% frente aos 80,0% registrados em 2008 — o município possui apenas 1 ETE (2020), mesmo número da mediana nacional, mas bem distante das 869 unidades médias do estado de São Paulo. Essa defasagem entre coleta e tratamento indica gargalo de infraestrutura que merece atenção, mesmo que o percentual de tratamento (53,5%) ainda supere a mediana nacional (37,7%).

O abastecimento de água é estável, com cobertura de 82,0% (2022, -0,7% na série), acima da mediana nacional (76,5%) mas abaixo da média paulista (95,2%). Destaque positivo é a perda de água na distribuição, praticamente eliminada em 0,1% (2022) — queda de -99,6% desde 2008 —, posicionando o município no percentil 2 nacional (ou seja, entre os mais eficientes do país, já que menor perda é melhor). Os resíduos sólidos domiciliares também mostram avanço: coleta de 93,7% (2022, +4,7%) e destino inadequado reduzido a 5,2% (2022, -50,9% desde 2010), bem abaixo da mediana nacional de 14,9%, embora ainda acima do índice de São Paulo (1,0%).

No campo climático, as emissões totais de GEE caíram para 307.926 tCO₂e (2024, -15,7%), mas seguem elevadas frente à mediana nacional (138.513 tCO₂e), no percentil 71. As emissões de energia (137.785 tCO₂e, percentil 85) e de resíduos (12.852 tCO₂e, +1,2%, percentil 73) permanecem acima da mediana nacional, sugerindo que, apesar da boa gestão de resíduos sólidos em termos de cobertura, o setor ainda contribui de forma relevante para o perfil de emissões do município. Um ponto favorável é a expansão da potência de biomassa instalada, que saltou de 3 MW (2010) para 103 MW (2024), no percentil 94 nacional, o que pode ajudar a mitigar emissões futuras se associada a uma matriz energética mais limpa.

Por fim, o investimento público registrado via PNCP em 2026 é de apenas R$ 28.683, valor irrisório frente à mediana nacional (R$ 3,1 milhões) e ao total estadual (R$ 244,9 milhões), posicionando o município no percentil 7. Esse baixo volume de investimento contrasta com a necessidade de recuperar o tratamento de esgoto e expandir a cobertura de água, sugerindo que a manutenção dos bons indicadores de saneamento e resíduos depende de aportes financeiros mais robustos nos próximos ciclos orçamentários.