Os recursos serão operacionalizados pelo Fundo Brasileiro para a Biodiversidade (FUNBIO), responsável pela gestão financeira do Programa, e as instituições executoras terão até 24 meses para implementar as ações aprovadas
os projetos poderão ser implementados nas Zonas de Amortecimento das UCs e/ou em corredores ecológicos entre UCs, de modo a garantir a conectividade entre ecossistemas e fortalecer os objetivos de conservação das áreas protegidas.