Codajás apresenta um dos quadros mais críticos do saneamento básico no país. A cobertura de água atingiu apenas 32,1% em 2022, com queda de 61,6% desde 2008, quando chegava a 83,8%. O município está no percentil 7 nacional, muito abaixo da mediana brasileira (76,5%) e da média do Amazonas (82,0%). Paralelamente, a perda de água na distribuição saltou para 70,0% em 2022, um aumento de 71,7% em relação a 2008, colocando o município no percentil 97 do país — ou seja, entre os piores índices nacionais, e bem acima da mediana (29,9%) e da UF (48,1%). A combinação de baixa cobertura com alta perda indica falência operacional do sistema de abastecimento, sugerindo perdas físicas (vazamentos) e/ou de gestão (fraudes, hidrometração precária).

No esgotamento sanitário, a coleta de resíduos domiciliares evoluiu de 61,2% (2010) para 67,5% em 2022, ainda abaixo da mediana nacional (76,9%) e da UF (73,0%), no percentil 35. O destino inadequado de dejetos caiu de 38,8% para 26,5% no mesmo período, uma melhora de 31,6%, mas o percentil 69 mostra que o município ainda está pior que a maioria dos municípios brasileiros nesse quesito. Essa situação sanitária precária se relaciona com as emissões de resíduos, que cresceram 42,9% desde 2010, atingindo 15.060 tCO₂e em 2024 — acima da mediana nacional (5.787 tCO₂e) e no percentil 78, refletindo o manejo ainda deficiente de resíduos sólidos e efluentes.

Do ponto de vista climático, Codajás mantém-se como sumidouro líquido de carbono, com emissões totais de -386.666 tCO₂e em 2024, resultado da preservação florestal characterísitca da região amazônica, embora a magnitude do sumidouro tenha se reduzido 45,4% desde 2010 (quando era de -708.012 tCO₂e), sinalizando possível avanço do desmatamento ou degradação florestal. As emissões de energia caíram 61,7% no período, para 9.520 tCO₂e em 2024, abaixo da mediana nacional, compatível com a matriz predominantemente termelétrica de pequeno porte (5 MW, estável desde 2013, no percentil 50).

Por fim, o município enfrenta vulnerabilidade hídrica relevante: registrou 4 eventos de cheia e 2 de seca em 2016, ambos acima da mediana nacional (zero), com percentis 96 e 64 respectivamente. O índice de segurança hídrica projetado é de apenas 2,000 (2035), no percentil 14, abaixo da mediana do país (4,000) e da UF (3,113), reforçando a fragilidade estrutural do sistema de água já evidenciada pelos indicadores de cobertura e perdas. O quadro geral aponta para a urgência de investimentos em infraestrutura de saneamento, especialmente para reduzir perdas na distribuição e ampliar a cobertura, dado que a base florestal ainda garante um saldo climático favorável, mas que vem se estreitando ao longo da série histórica.